Gia Cát Lượng mất, Phí Y làm hậu quân sư. Tưởng Uyển làm đại tướng chấp chính, bổ nhiệm Phí Y làm Thượng thư lệnh. Phí Y tư chất thông minh, nhìn sơ qua là hiểu ngay, lại có trí nhớ tốt, cho nên công vụ chỉ từ sáng đến trưa là làm xong, buổi chiều có thể tiếp khách, vui chơi, chơi cờ. Năm 243 khi Đổng Doãn thay Phí Y làm Thượng thư lệnh, có ý học theo lịch làm việc của Phí Y, tuy nhiên chỉ sau mấy ngày công việc trễ hẹn chất chồng. Doãn thấy vậy nói: "Ta chẳng thể bằng Y được. Ta xét việc cả ngày, mà chẳng rảnh được chút nào ư."[14]

Năm 243 Tưởng Uyển bệnh nặng, Phí Y được thăng làm Đại tướng quân, cùng Đổng Doãn thay Uyển nắm phần lớn chức trách. Năm 244, Tào Sảng kéo đại quân Ngụy đến đánh Thục ở Hán Trung (漢中, ngày nay cũng là Hán Trung thuộc Thiểm Tây), Phí Y cẩm quân đánh bại Tào Ngụy, được phong làm Thành Hương hầu. Năm 246 Tưởng Uyển mất, Phí Y thay Tưởng Uyển chấp chính.